Архив журнала > 2011 > № 6, ноябрь-декабрь

РОЛЬ ЗАРЯДА И ГИДРОФОБНЫХ ЭФФЕКТОВ В РЕАКЦИЯХ
ПЕПТИДНЫХ СУБСТРАТОВ И ИНГИБИТОРОВ С ТРОМБИНОМ

А. А. Поярков, В. В. Прокопенко, С. А. Пояркова

Институт биоорганической химии и нефтехимии НАН Украины, Киев;
e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Проведен анализ взаимодействия тромбина с синтетическими пептидными субстратами и ингибиторами, различающимися гидрофобностью и объемом бокового заместителя аминокислоты, локализованной в подцентрах субстрата Р2 и Р3. Оценены кинетические параметры индивидуальных стадий энзимного процесса (Ks, k2, k3). Показано, что скорость стадий ацилирования и деацилирования энзимной реакции снижается с увеличением гидрофобности заместителя в Р2 и Р3, а сродство пептида к энзиму возрастает. Для оценки гидрофобности соединений рассчитаны LogP и проведено сравнение этих значений со значениями Ki. Cравнительный кинетический анализ Z-Arg-OMe и его незаряженного аналога Z-Cit-OМe показал, что при отсутствии гидролиза незаряженного аналога, он ингибирует гидролиз тромбином заряженного аналога. Эти исследования подтверждают важность гидрофобных остатков в структуре ингибиторов тромбина.

Ключевые слова: тромбин, пептиды, субстраты, ингибиторы, константы ацилирования и деацилирования, LogP.

Оригинал статьи на русском языке доступен для скачивания в формате PDF.

© Украинский биохимический журнал