Архив журнала > 2011 > № 1, январь-февраль

КОНФОРМАЦИОННОЕ РАЗНООБРАЗИЕ И ФИЗИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ
1,2-ДИДЕЗОКСИРИБОФУРАНОЗЫ-5-ФОСФАТА – МОДЕЛЬНОГО МОНОМЕРНОГО ЗВЕНА ДНК

Т. Ю. Николаенко1, Л. А. Булавин1, Д. Н. Говорун1,2, О. А. Мисюра1

1Киевский национальный университет имени Тараса Шевченко, Украина;
2Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев;
e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Представлены результаты полного конформационного анализа молекулы 1,2-дидезоксирибофуранозы-5-фосфата – модельного звена остова ДНК, выполненного квантово-механическим методом функционала плотности. На уровне теории MP2/cc-pVTZ // DFT B3LYP/cc-pVTZ получено 282 ее конформера, относительные энергии Гиббса которых при нормальных условиях лежат в пределах от 0 до 8,9 ккал/моль. Среди них структура семи конформеров подобна структуре остова ДНК в AI, BI и ZII формах, из которых энергия Гиббса B-ДНК-подобного конформера наименьшая (?G = 3,3 ккал/моль). Установлено, что величины релаксированных силовых постоянных для конформационных параметров ДНК-подобных конформеров удовлетворяют неравенству K? > K?? > K? > K?.

Ключовые слова: 1,2-дидезокси­рибофуранозы-5-фосфат, ДНК, AP-сайты, конформационный анализ.

Оригинал статьи на украинском языке доступен для скачивания в формате PDF.

 

© Украинский биохимический журнал