Архив журнала > 2011 > № 3, май-июнь

ПРОСТЕЙШАЯ МОЛЕКУЛЯРНАЯ МОДЕЛЬ САХАРОФОСФАТНОЙ ЦЕПИ
2?-ДЕЗОКСИРИБО­ПОЛИНУКЛЕОТИДОВ: КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКАЯ
ПРОВЕРКА НА АДЕКВАТНОСТЬ

И. С. Войтешенко1, Р. А. Жураковский2, Л. А. Булавин1, Д. Н. Говорун2,3

1Киевский национальный университет имени Тараса Шевченко, Украина;
2Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев;
3Институт высоких технологий Киевского национального университета имени Тараса Шевченко, Украина;
e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Квантово-химическими методами DFT B3LYP/ 6-31++G(d,p) и DFT B3LYP/ 6-31G(d,p) подтверждена физическая адекватность простейшей молекулярной модели «сахарный остаток (СО) – фосфатная группа (ФГ) – СО» сахарофосфатной цепи 2?-дезоксирибополинуклеотидов. Доказано, что ее усложнение до уровня «СО-ФГ-СО-ФГ-СО» и выше практически не изменяет числовые значения номенклатурных торсионных углов. Углы так же почти не зависят от природы противоионов (замены Na+ на Li+, K+ или Cs+) и перехода от вакуумного приближения к континуальному с диэлектрической проницаемостью 1,4; 24,9 и 78,4. Показано, что модель теряет свою адекватность в том случае, когда конечным ее звеном является ФГ.

Ключевые слова: 2?-дезоксирибополинуклеотид, молекулярная модель сахарофосфатной цепи, квантово-химические исследования, окружение ДНК, противоионы ДНК.

Оригинал статьи на украинском языке доступен для скачивания в формате PDF.

© Украинский биохимический журнал