ПОЛНОЕ КОНФОРМАЦИОННОЕ СЕМЕЙСТВО 2',3'-ДИДЕГИДРО-2',3'-ДИДЕЗОКСИГУАНОЗИНА: КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ И ЭЛЕКТРОННО-ТОПОЛОГИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ (А.Г. Пономарева, Е.П. Юренко, Р.А. Жураковский, Д.Н. Говоун)

title ru

Архив журнала > 2012 > № 1, январь-февраль

ПОЛНОЕ КОНФОРМАЦИОННОЕ СЕМЕЙСТВО

2?,3?-ДИДЕГИДРО-2?,3?-ДИДЕЗОКСИГУАНОЗИНА:

КВАНТОВО-ХИМИЧЕСКОЕ И ЭЛЕКТРОННО-

ТОПОЛОГИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

А. Г. Пономарева¹, Е. П. Юренко^1,2,3, Р. А. Жураковский^1,2, Д. Н. Говорун^1,2,3

¹Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев;

e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.;

²Научный и образовательный центр «Государственная ключевая лаборатория

молекулярной и клеточной биологии», Киев, Украина;

³Киевский национальний университет имени Тараса Шевченко,

Институт высоких технологий, Украина;

e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Впервые на уровне теории MP2/6-311++G(d,p) // DFT B3LYP/6-31++G(d,p) проведен полный конформационный анализ 2?,3?-дидегидро-2?,3?-дидеоксигуанозина (d4G) – ингибитора ВИЧ-обратной транскриптазы. Представлены основные геометрические, энергетические и полярные характеристики найденных 20 конформеров, а также основные конформационные равновесия при нормальных условиях. Установлено, что d4G стабилизируется девятью типами внутримолекулярных специфических связей: O5?H...N3, O5?H...C8, C8H...O5?, C2?H...N3, C5?H1...N3, C5?H2...N3, C8H...H1C5?, С8Н...Н2?С5? и N2H1...O5?. Полученные результаты подтверждают, что биологическая активность d4G связана с терминацией синтеза полинуклеотидной цепи в направлении 5?-3? путем конкуренции с каноническим 2?-дезоксигуанозином за связывание с активным центром энзима.

Ключевые слова: 2?,3?-дидегидро-2?,3?-дидезоксигуанозин, конформационный анализ, квантово-химические рассчеты, водородные связи, биологическая активность.

Оригинал статьи на украинском языке доступен для скачивания в формате PDF.