title ru

Архив журнала > 2010 > № 1, январь-февраль

ПЕРВИЧНЫЙ АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ВСЕГЕНОМНОГО ПОИСКА ГЕНОВ
ОТВЕТА НА ДЕЙСТВИЕ ИНТЕРФЕРОНА АЛЬФА

Е. О. Драгущенко, Б. Т. Токовенко, М.?Ю.?Оболенская

Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины,  Киев;
e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

В работе проведен первичный анализ потенциальных генов ответа на действие ИФН?, которые были найдены в процессе их поиска в геноме крысы с помощью разработанной в нашей лаборатории программы COTRASIF. С этой целью были применены веб-инструменты FatiGO и GOTM, проведен поиск в литературе с использованием системы IHOP, гены классифицированы согласно концептуальной схеме «Онтологии генов» (ОГ) и ранжированы по их первоочередности для экспериментальной проверки.
Основываясь на результатах проведенного анализа, среди 162 генов предполагаемого первичного ответа на действие ИФН? выделили группу генов (61 ген), для которых существуют экспериментальные подтверждения их ответа на действие ИФН?, а для оставшихся генов нашего списка (101) таких подтверждений не найдено (группа «неизвестных» генов). На основе функционального анализа ранее «неизвестных» генов по схеме ОГ обнаружено, что данная группа является обогащенной на гены функциональной категории «компонент синапса». Эта категория представлена тремя генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L и GABAA?– receptor subunit alpha-2. Среди общей группы генов (162) обнаружено обогащенную категорию «иммунный ответ», содержащую ген Mbl1, который также входит в число «неизвестных» генов. Перечисленные гены выбраны в качестве первых кандидатов для экспериментальной проверки их регуляции интерфероном.

Ключевые слова: интерферон альфа, потенциальные гены ответа, классификация генов ответа, «Онтология генов», FatiGO, GOTM.

Оригинал статьи на украинском языке доступен для скачивания в формате PDF.

© Украинский биохимический журнал