title ru

Архив журнала > 2007 > № 3, май-июнь

НОВЫЙ АЛГОРИТМ РАСЧЕТА ПАРАМЕТРА УПОРЯДОЧЕНИЯ
СВЯЗИ N–H ПЕПТИДНЫХ ГРУПП МЕТОДОМ МОДЕЛИРОВАНИЯ
МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Д. С. Каниболоцкий, О. С. Иванова, Н. С. Мирошниченко, В. В. Лесняк

Киевский национальный университет имени Тараса Шевченко, Украина;
e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Разработан новый алгоритм расчета параметра упорядочения связи N–H пептидных групп белков, исходя из траекторий движения их атомов, полученных методом молекулярной динамики. Для верификации алгоритма смоделированы коллективные движения атомов ВИЧ-1-протеазы (3.4.23.16) с монопротонированным активным центром в воде при рН 3,5–6,5. Показано, что ферменту присущ набор конформаций, промежуточных между “открытой” и “закрытой” формами. Рассчитанные на основе предложенного алгоритма значения параметра упорядочения связей N–H пептидных групп удовлетворительно согласуются с экспериментальными данными, полученными методом ЯМР.

Ключевые слова: молекулярная динамика; компьютерное моделирование; ВИЧ–1-протеаза; параметр упорядочения связи N–H пептидных групп; эффективное время корреляции; ядерный магнитный резонанс.

Оригинал статьи на русском языке доступен для скачивания в формате PDF.

© Украинский биохимический журнал