title ru
Архив журнала > 2007 > № 1, январь-февраль

МНОГООБРАЗИЕ ШПИЛЕК DIS, SD И    В ИЗОЛЯТАХ ВИЧ-1
ГРУППЫ M: ИССЛЕДОВАНИЕ IN SILICO

М. И. Зарудная, А. Л. Потягайло, И. Н. Коломиец, Д. Н. Говорун

Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев;
e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.

Для 731 ВИЧ-1 изолята группы М из базы данных NCBI проанализированы первичная последовательность и вторичная структура области генома, охватывающей шпильки DIS, SD и ?. Предсказание вторичной структуры проводилось с помощью программы mfold М.?Зукера (М. Zuker). Было установлено, что несмотря на высокую гетерогенность первичной последовательности изучаемой области, она сворачивается в шпильки DIS, SD и ? (DIS-, SD- и ?-подобные шпильки) в 96% исследованных геномах. Филогенетический анализ показал, что в наиболее часто встречающихся вариантах шпильки DIS (DISLai, DISMal и DISC) допускаются замены оснований лишь в определенных положениях. В частности, замена основания в положении 23 стебля происходит в 5 и 33 раза чаще в DISLai, чем в DISMal и DISC соответственно, в то время как вставка A на 5?-конце апикальной петли допускается в DISMal и DISC, но не в DISLai. Нами обнаружено, что замена нижней пары G-C на A-U в шпильке SD является высокоспецифичной для изолятов субтипа D. В статье описаны и систематизированы все варианты шпилек DIS, SD и ? и предложены схемы  переходов между вариантами этих шпилек через единичные замены оснований. Обнаружено, что большин­ство вариантов шпилек DIS и ? существуют в нескольких конформациях.

Ключевые слова: ВИЧ-1, филогенетический анализ, свертывание РНК, шпилька DIS, шпилька SD, шпилька ?, димеризация генома, упаковка ВИЧ-1.

Оригинал статьи на английском языке доступен для скачивания в формате PDF.

© Украинский биохимический журнал