Архів журналу > 2011 > № 3, травень-червень

НАЙПРОСТІША МОЛЕКУЛЯРНА МОДЕЛЬ ЦУКРОВОФОСФАТНОГО
ЛАНЦЮГА 2?-ДЕЗОКСИРИБОПОЛІНУКЛЕОТИДІВ:
КВАНТОВО-ХІМІЧНА ПЕРЕВІРКА НА АДЕКВАТНІСТЬ

І. С. Войтешенко1, Р. О. Жураківський2, Л. А. Булавін1, Д. М. Говорун2,3

1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
3Інститут високих технологій Київського національного
університету імені Тараса Шевченка, Україна;
e-mail: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

Квантово-хімічними методами DFT B3LYP/6-31++G(d,p) та DFT B3LYP/6-31G(d,p) підтверджено фізичну адекватність найпростішої молекулярної моделі «цукровий залишок (ЦЗ) – фосфатна група (ФГ) – ЦЗ» цукровофосфатного ланцюга 2?-дезоксирибополінуклеотидів. Доведено, що її ускладнення до рівня «ЦЗ-ФГ-ЦЗ-ФГ-ЦЗ» і вище практично не змінює числові значення номенклатурних торсійних кутів. Ці кути також майже не залежать від природи протиіону (заміни Na+ на Li+, K+ чи Cs+) та переходу від вакуумного наближення до континуального з діелектричними проникностями 1,4; 24,9 та 78,4. Показано, що модель втрачає свою адекватність у тому разі, коли кінцевою її ланкою є ФГ.

Ключові слова: 2?-дезоксирибополінуклеотид, молекулярна модель цукровофосфатного ланцюга, квантово-хімічні дослідження, оточення ДНК, протиіони ДНК.

Оригiнал статтi українською мовою доступний для зкачування в форматi PDF.

© Український бiохiмiчний журнал