Архів журналу > 2011 > № 1, січень-лютий

КОНФОРМАЦІЙНЕ РІЗНОМАНІТТЯ І ФІЗИЧНІ ВЛАСТИВОСТІ 1,2-ДИДЕЗОКСИРИБОФУРАНОЗИ-5-ФОСФАТУ – МОДЕЛЬНОЇ МОНОМЕРНОЇ ЛАНКИ ДНК

Т. Ю. Ніколаєнко1, Л. А. Булавін1, Д. М. Говорун1,2, О. О. Мисюра1

1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

Представлено результати повного конформаційного аналізу молекули 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфату – модельної ланки остову ДНК, виконаного квантово-механічним методом функціоналу густини. На рівні теорії MP2/cc-pVTZ // DFT B3LYP/cc-pVTZ одержано 282 її конформери, відносні енергії Гіббса яких за нормальних умов лежать у межах 0?8,9 ккал/моль. Серед них структура 7 конформерів подібна до структури хребта ДНК у AI, BI і ZII формах, із яких енергія Гіббса B-ДНК-подібного є найменшою (?G = 3,3 ккал/моль). Встановлено, що величини релаксованих силових сталих для конформаційних параметрів у ДНК-подібних конформерів задовольняють нерівності K? > K?? > K? > K?.

Ключові слова: 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфат, ДНК, AP-сайти, конформаційний аналіз.

Оригiнал статтi українською мовою доступний для зкачування в форматi PDF.

© Український бiохiмiчний журнал