Архів журналу > 2010 > № 6, листопад-грудень

КВАНТОВО-МЕХАНІЧНИЙ КОНФОРМАЦІЙНИЙ АНАЛІЗ МОЛЕКУЛИ 5?-ТИМІДИЛОВОЇ КИСЛОТИ

Т. Ю. Ніколаєнко1, Л. А. Булавін1, Д. М. Говорун1,2

1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
е-mail: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

Методами обчислювальної квантової механіки на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p) // B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз структурної ланки ДНК – нуклеотиду з тиміновою основою та електронейтральною фосфатною групою у 5?-положенні. Виявлено 660 його конформацій із відносними енергіями Гіббса 0?11,1 ккал/моль за нормальних умов. Серед них шість конформерів подібні до структури нуклеотиду ДНК у AI-, один – у AII- і сім – в BI-формах відповідно. Найнижчу енергію Гіббса серед ДНК-подібних конформерів (?G = 2,7 ккал/моль) має BI-ДНК-подібна структура. Показано, що глікозидний зв’язок є найлабільнішим з усіх хімічних зв’язків молекули. Продемонстровано роль внутрішньомолекулярних водневих зв’язків типу CH???O у формуванні просторової структури конформерів 5?-тимідилової кислоти.

Ключові слова: нуклеотид, 2?-дезокситимідилова кислота, конформаційний аналіз, ДНК, ab initio розрахунки, водневі зв’язки.

?Оригiнал статтi українською мовою доступний для зкачування в форматi PDF.