Первинний аналіз результатів всегеномного пошуку генів відповіді на дію інтерферону альфа.

Драгущенко О. О. | Токовенко Б. Т. | Оболенська М. Ю.

У роботі проведено первинний аналіз потенційних генів відповіді на дію ІФНalpha, які було виявлено у процесі пошуку їх в геномі щура за допомогою розробленої в нашій лабораторії програми COTR ASIF. З цією метою застосовано веб-інструменти FatiGO і GOTM, з використанням системи IHOP проведено пошук у літературі, гени класифіковані за концептуальною схемою «Онтології генів» (ОГ, англ. «Gene Ontology») та ранжировані за першочерговістю їх для експериментальної перевірки.

Базуючись на результатах проведеного аналізу, серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНalpha виокремили групу із 61 гена, для яких існують експериментальні підтвердження відповіді їх на дію ІФНalpha; для інших генів з нашого переліку (101) таких підтверджень не знайдено, тобто вони «невідомі» як такі, що регульовані інтерфероном. На основі функціонального аналізу «невідомих» генів за схемою «Онтології генів» виявлено, що ця група є збагаченою на гени функціональної категорії «компонент синапсу». Ця категорія представлена трьома генами Rattus norvegicus: PRKCA-binding protein, NMDAR–L, GABAA – receptor subunit alpha-2. Серед 162 генів імовірної первинної відповіді на дію ІФНalpha виявлено збагачену категорію «імунна відповідь», що містить ген Mbl1, який також належить до групи «невідомих». Ці гени обрано першими на черзі для подальшої експериментальної перевірки регуляції їх інтерфероном.


Отримано: 2009-12-01

Опублiковано на сайтi: 2010-04-04

Оригiнал статтi українською мовою доступний для зкачування в форматi PDF.

© Український бiохiмiчний журнал