НОВИЙ АЛГОРИТМ РОЗРАХУНКУ ПАРАМЕТРА ВПОРЯДКУВАННЯ ЗВ’ЯЗКУ N–H ПЕПТИДНИХ ГРУП МЕТОДОМ МОДЕЛЮВАННЯ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ (Д.С. Каніболоцький, О.С. Іванова, М.С.?Мірошниченко, В.В. Лісняк)

title ua

Архів журналу > 2007 > № 3, травень-червень

НОВИЙ АЛГОРИТМ РОЗРАХУНКУ ПАРАМЕТРА

ВПОРЯДКУВАННЯ ЗВ’ЯЗКУ N–H ПЕПТИДНИХ ГРУП

МЕТОДОМ МОДЕЛЮВАННЯ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ

Д. С. Каніболоцький, О. С. Іванова, М.?С.?Мірошниченко, В. В. Лісняк

Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;

e-mail: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

Розроблено новий алгоритм розрахунку параметра впорядкування зв’язку N–H пептидної групи білка на основі траєкторій руху його атомів, одержаних методом молекулярної динаміки. Для верифікації алгоритму змодельовано рухливість ВІЛ-1-протеази (3.4.23.16) з монопротонованим активним центром у водному розчині при рН 3,5–6,5. Показано, що фермент виявляє набір конформацій, проміжних між “відкритою” та “закритою” формами. Розраховані авторами значення параметра впорядкування задовільно узгоджуються з експериментальними даними, одержаними методом ЯМР.

Ключові слова: молекулярна динаміка; комп’ютерне моделювання; ВІЛ-1-протеаза; параметр впорядкування зв’язку N–H пептидних груп; ефективний час кореляції; ядерний магнітний резонанс.

Оригiнал статтi росiйською мовою доступний для зкачування в форматi PDF.