title ua

Архів журналу > 2007 > № 1, січень-лютий

РІЗНОМАНІТНІСТЬ ШПИЛЬОК DIS, SD ТА У ІЗОЛЯТАХ
ВІЛ-1 ГРУПИ M: ДОСЛІДЖЕННЯ IN SILICO

М. І. Зарудна, А. Л. Потягайло, І. М. Коломієць, Д. М. Говорун

Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам потрібно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

Для 731 ізоляту ВІЛ-1 групи М з бази даних NCBI проаналізовано первинну послідовність та вторинну структуру ділянки геному, що охоплює шпильки DIS, SD та ?. Вторинні структури передбачували за допомогою програми mfold М. Зукера (М. Zuker). Показано, що попри високу гетерогенність первинної послідовності досліджуваної ділянки вона згортається у шпильки DIS, SD та ? (DIS-, SD- та ?-подібні шпильки) у 96% геномів. Філогенетичний аналіз свідчить, що у варіантах шпильки DIS, які зустрічаються найчастіше (DISLai, DISMal та DISC), заміни нуклеотидних основ допустимі лише в певних положеннях. Так, основи в положенні 23 стебла замінюються у 5 та 33 рази частіше у DISLai, ніж у DISMal та DISC відповідно, у той час як вставка A на 5?-кінці апікальної петлі можлива лише в DISMal та DISC, але не у DISLai. Виявлено, що заміна нижньої пари G-C на A-U у шпильці SD є високоспецифічною для ізолятів субтипу D. Описано та систематизовано усі варіанти шпильок DIS, SD і ? і запропоновано схеми переходів між варіантами цих шпильок через поодинокі заміни основ. Встановлено, що шпильки DIS та ? існують здебільшого в кількох конформаціях.

Ключові слова: ВІЛ-1, філогенетичний аналіз, згортання РНК, шпилька DIS, шпилька SD,  шпилька ?, димеризація геному, пакування ВІЛ-1.

Оригiнал статтi англiйською мовою доступний для зкачування в форматi PDF.

© Український бiохiмiчний журнал